Oberstes Organ des Vereins Cleantech Switzerland ist die General-versammlung. Die strategische Führung und Oberaufsicht obliegt dem Vorstand, in dem sowohl die Osec, als auch die Mitgliedsverbände vertreten sind. Präsident des Vereinsvorstands ist Patrick Hofer-Noser. Die operative Geschäftsführung hat der Vorstand an eine externe Geschäftsstelle delegiert.